Криза ідентичності

Чергове викриття в галузі біомедичних досліджень: у журналі вийшла стаття, автор якої підрахував кількість публікацій, зроблених на неправильно ідентифікованих клітинних лініях. Іншими словами, автори цих робіт думали, що працюють з однією клітинною лінією, а насправді це були зовсім інші клітини з іншими властивостями. За найм'якшою оцінкою, більше 30 тисяч статей містять сумнівні результати, і це, очевидно, одна з причин тотальної невиробленості даних у сучасній науці. Насправді таких статей набагато більше.

Клітинна лінія - це окрема тканина або навіть орган «в мініатюрі». Це культура клітин певного типу (наприклад, клітини сполучної або нервової тканини), яку можна вирощувати окремо від організму в чашці Петрі і на ній вивчати властивості даної тканини - експресію генів, взаємну регуляцію білків, тестувати на ній лікарські препарати і так далі.

Особливою популярністю в лабораторіях користуються так звані імморталізовані клітинні лінії - найчастіше це клітини, отримані з пухлин, які, на відміну від «нормальних» клітин, можуть ділитися нескінченна кількість разів. Саме такою властивістю володіє найстаріша і найвідоміша клітинна лінія HeLa, отримана від пацієнтки на ім'я Генрієтта Лакс з раком шийки матки. Тут і починаються проблеми: якщо в одній лабораторії працюють і з нормальними клітинами, і з раковими, останні охоче забруднюють чисті культури просто за рахунок того, що швидше ростуть і мають підвищену виживаність. Наприклад, генотипування нових клітинних ліній, опублікованих китайськими вченими, показало, що в 85 відсотках випадків це насправді HeLa.

Ще в 1968 році вперше вийшла замітка про те, що багато культур клітин людини містять примісь клітин HeLa. Таким чином, питання «ідентичності» клітинних ліній аж ніяк не нове. Однак плутанина трапляється не тільки в результаті забруднення: дослідники, які створили клітинну лінію, могли просто помилитися при виділенні клітин і невірно їх охарактеризувати.

Наслідки роботи не з тими клітинами, звичайно, не завжди очевидні: багато дослідників вивчають базові біохімічні процеси, і їм, загалом, без різниці, з якою лінією працювати. Неправильне посилання у статті в крайньому випадку може призвести до того, що в іншій лабораторії ці дані не відтворюються. Однак для дослідників, які думають, що вивчають тканину тимуса - органу імунітету, а насправді працюють з клітинами раку печінки, як це було у випадку з клітинними лініями P1-1A3 і P1-4D6, плутанина призводить до більш серйозних наслідків. У наведеному прикладі в 69 статтях автори використовували ці клітинні лінії «не за призначенням», а потім більше двох тисяч статей процитували ці роботи.

Масштаб проблеми призвів до створення міжнародного комітету з автентифікації клітинних ліній (ICLAC- International Cell Line Authentication Committee). Члени цього комітету перевіряють популярні клітинні лінії і в разі виявлення невідповідності заносять їх у «чорний список». Останнє оновлення цього списку в 2016 році містить 488 найменувань (якщо раптом ви клітинний біолог, про всяк випадок зазирніть у нього).

Для всіх ліній, перелічених в останньому оновленні списку ICLAC, автори обговорюваної статті постаралися знайти вихідну роботу, в якій було описано отримання конкретної клітинної лінії, а потім підрахували кількість згадок цієї роботи в наступних статтях. Паралельно вчені підрахували кількість згадок цієї лінії в базі даних Web of Science. До серпня 2017 року було виявлено 32755 статей, в яких автори «видавали» бажане за дійсне і працювали не з тією клітинною лінією. На ці роботи було майже півмільйона посилань.

Автори публікації врахували у своїх розрахунках тільки відомі випадки невірної ідентифікації клітинних ліній, але в реальності таких випадків набагато більше. Наприклад, вчені нерідко діляться один з одним культурами без всяких матеріальних підтверджень того, що ця та сама клітинна лінія. Звичайно, є способи перевірити справжність зразка - для генотипування культур було розроблено кілька простих способів, наприклад профілювання за короткими послідовностями, що повторюються (STR - short tandem repeat profiling). Але брак засобів, часу, інформації, гонка за публікаціями, та й просто лінь людська призводять до того, що ситуація з року в рік не поліпшується.