Бактерії в достатку зустрічаються на поверхні шкіри і слизових. Внутрішні рідини та органи тіла в нормі практично стерильні - за винятком травного тракту. Тут, насамперед у товстому кишечнику, мешкає процвітаюча спільнота мікроорганізмів, на яку припадає до 3% всієї маси тіла.